C'est cette situation stratégique de Gernika, jointe à d'autres facteurs, qui incita le Seigneur de Biscaye de l'époque, le Conte Don Tello, à accorder à Gernika le titre de ville, la séparant ainsi de la paroisse de Lumo qui perdit l'une de ses enclaves les plus importantes ainsi qu'une grande partie de son territoire. La charte de fondation de la ville est accordée à Gernika en 1366. Parmi les privilèges accordés par Don Tello à Gernika dans la Charte de fondation se trouvait le pouvoir d'organiser un marché hebdomadaire.
Dès la concession du titre de ville, les disputes commencèrent entre Gernika et Lumo. Le point culminant de ces différents se produisit au XVIe siècle, plus concrètement en 1575. Lumo remporta à cette date l'une des plus importantes batailles judiciaires et Gernika se vit donc dans l'obligation de limiter son territoire et son centre-ville se réduit à cinq rues : Artekale, Goenkale, Barrenkale, et Azokakale, et une rue transversale, Santa María. Il y avait deux églises, l'église de Santa María intramuros et celle de San Juan extramuros. Cette dernière fut détruite dans le bombardement et sa reconstruction ne fut pas envisagée dans les plans de reconstruction de la ville.
Néanmoins ces litiges entre la paroisse de Lumo et la ville de Gernika prirent fin le 8 janvier 1882, année où Gernika et Lumo s'unirent pour ne plus former qu'une seule unité municipale. Une rue du centre de Gernika appelée « 8 de Enero » (8 janvier) commémore cette union. À partir de cette date le développement économique de Gernika-Lumo commence : la voie de chemin de fer est étendue jusqu'à la ville, la rivière est canalisée et passe aujourd'hui par un canal souterrain sous l'une des rues du centre-ville ; des usines d'armement et des ateliers de divers secteurs s'installent dans la ville.
